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1. 1 Origine des microorganismes

1. 1. 1 Origine endogène

Si l'organisme animal, tout comme l'organisme humain, est porteur de très nombreux microorganismes en surface, la grande majorité de sa flore microbienne se situe au niveau des muqueuses du   tube digestif. En effet, toutes les surfaces internes de l'organisme animal en contact avec le milieu environnant hébergent et / ou sont contaminées par des microorganismes. C'est ainsi qu'on retrouve des microorganismes dans tout le tractus digestif, de la sphère oro-pharyngée jusqu'à l'anus ainsi que sur les muqueuses du tractus génital de la femelle. On dit couramment que l'organisme humain - ou animal - contient plus de microorganismes qu'il ne comporte de cellules. La flore du tube digestif est de l'ordre de 1011 à 1012 microorganismes.g^-1 de fèces. La flore dominante, de l'ordre de 108 microorganismes.g^-1, est représentée par des Bifidobacterium, Peptostreptococcus, Bacteroides, Eubacterium ; la flore sous dominante (< 105 microorganismes.g^-1) est constituée de Lactobacillus et Clostridium et la flore fluctuante (< 105 microorganismes.g^-1) est représentée par Staphylococcus et Streptococcus (Stephen et Cummings 1980).

Ces microorganismes ont, entre autres, comme rôle principal d'occuper le terrain afin d'éviter l'implantation de microorganismes pathogènes. Ils sont dits saprophytes ou commensaux suivant leurs relations avec l'hôte. En ce qui concerne la contamination des aliments par des microorganismes pathogènes nous n'évoquerons   ici que des animaux sains, les animaux malades étant en général évincés de la chaîne alimentaire par les services vétérinaires. En général, dans un organisme humain ou animal en bonne santé, les microorganismes pathogènes sont présents momentanément ou continuellement en quantité relativement limitée par rapport aux autres microorganismes dit inoffensifs. Ils peuvent être implantés dans des micro-niches écologiques et, sans se multiplier activement, peuvent co-exister avec les autres microorganismes ou tout simplement transiter via les aliments dans le tube digestif. C'est ainsi que l'homme peut héberger ponctuellement des bactéries pathogènes telles que Listeria monocytogenes, Salmonella, Staphylococcus aureus, des Clostridium (qui peuvent perdurer dans le tube digestif) ainsi que des virus. Staphylococcus aureus constitue un cas à part puisque cette bactérie a pour niche écologique les glandes sébacées du système pileux et peut donc être hébergée par la peau de l'homme ou de l'animal. On retrouve donc cette bactérie assez fréquemment dans leur sphère oro-pharyngée.