Les autres voies majoritaires de contamination endogène sont liées aux plaies de saignée ou à l'éviscération tardive.
Bactériémie d'abattage (Gill, 1988)
Le passage des microorganismes du tube digestif vers le muscle peut se faire après la digestion. En effet, les microorganismes peuvent passer à travers la paroi intestinale dans la lymphe et dans le sang. Ils sont en général arrêtés par les ganglions ainsi que le foie qui font partie du système réticulo-histocytaire.
Lorsque l'animal est abattu dans un état de stress, où s'il est simplement fatigué, on observe une production de cathécholamine qui paralyse ce système, entraînant ainsi la libération dans le sang des microorganismes qui ont été piégés par les ganglions et le foie. Ces microorganismes peuvent ensuite se multiplier plus ou moins rapidement dans le sang suivant la vitesse de refroidissement à coeur de la carcasse (Fournaud 1985).
Les microorganismes contaminant la carcasse de cette manière sont majoritairement éliminés lors de la saignée, mais certains peuvent adhérer aux capillaires sanguins et se multiplier. Certaines expérimentations ont montré que, si l'on contaminait l'alimentation des porcs en salmonelles, on les retrouvait ensuite au cœur des jambons, ce qui montrait ce passage des microorganismes du tube digestif dans les muscles.
Plaie de saignée
Ce n'est pas à proprement parler une contamination d'origine endogène, puisque dans ce cas, les microorganismes proviennent de l'extérieur pour se répandre dans tout l'organisme lors de la saignée. Cependant, elle entraîne une contamination à cœur des muscles avec les mêmes conséquences que précédemment.
Lors de la saignée, les microorganismes se trouvant sur les couteaux mal nettoyés ou sur les poils de l'animal (souillures fécales au niveau du collet des bovins) peuvent être entraînés par le flux sanguin lors de la coupure des carotides par l'opérateur. Ces contaminations peuvent être extrêmement dangereuses, car potentiellement riches en microorganismes pathogènes.
L'éviscération tardive
L'éviscération tardive est considérée comme telle lorsqu'elle se produit au-delà de 45 minutes après l'abattage, même s'il est rare que l'on retrouve des microorganismes dans les muscles de l'animal en un laps de temps si court. Les tissus digestifs, fragilisés après la mort de l'animal, permettent un transit aisé des microorganismes du tube digestif dans le muscle. Les dangers résultant d'une éviscération tardive sont amplifiés par la température et la durée entre l'abattage et l'éviscération de l'animal.
Le faisandage consiste à entreposer une bête abattue pendant un certain temps sans l'avoir éviscérée. C'est une pratique encore utilisée actuellement pour certains gibiers et qui entraîne une modification des qualités organoleptiques de la viande, via le passage des microorganismes au niveau du muscle.
Autres cas de contaminations endogènes
- Les œufs
(Thapon et al., 1994 ; Board et Fuller, 1994)
Le contenu de l'œuf provenant de poules saines est habituellement stérile sauf dans le cas d'une transmission transovarienne qui a été démontrée dans le cas de Salmonella Enteritidis. Cette transmission particulière suppose que les salmonelles passent dans le sang de la poule et soient disséminées dans divers organes notamment les ovaires, avec ou sans manifestation pathologique. Ce mode de transmission a été démontré par différentes études mais la transmission par souillure fécale de la coquille, suivie d'une pénétration des salmonelles par les pores de cette coquille, est sans doute la plus fréquente. Dans la mesure où le jaune d'œuf est consommé cru ou peut ne pas être cuit à des températures élevées dans certaines préparations culinaires, son ingestion par le consommateur pourra conduire à une salmonellose sévère.
- Le lait
Le lait peut lui aussi être contaminé de manière endogène dans la mamelle par des bactéries l'ayant colonisé. Lorsqu'une telle colonisation se produit, elle provoque une inflammation de la mamelle appelée mammite, conduisant à l'excrétion d'un nombre important de bactéries.
Les mammites à Staphylococcus sont les plus fréquemment rencontrées. En effet, Staphylococcus aureus est souvent présent sur la peau du pis de la vache et peut donc contaminer le trayon lors de la traite. Il existe aussi des mammites dues à bacillus cereus, Listeria monocytogenes et à Salmonella, moins fréquemment rencontrées, mais potentiellement extrêmement dangereuses pour le consommateur.