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Le but de ce module est d'analyser la diversité microbienne (microbiote) de la phyllosphère et la diversité de la mésofaune du sol, sur des parcelles présentant différents modes de gestion (ex : bio vs. conventionnel), afin d’évaluer l’impact de ces modes de gestion sur la biodiversité taxonomique et fonctionnelle. Nous avons notamment choisi de faire un focus important sur le microbiote et la mésofaune du sol, qui sont des sujets non traités par ailleurs dans la formation. Ce module sera l’occasion d’aborder la biodiversité par une approche fonctionnelle, et de faire le lien avec la fourniture de services écosystémiques (ex : relation entre la diversité de la mésofaune du sol et la décomposition de la matière organique). En raison de l’importante part de biologie moléculaire en laboratoire et analyses bioinformatiques, ce module sera limité en nombre d’étudiants, en privilégiant ceux ayant un projet professionnel orienté vers la recherche (doctorat notamment). La première semaine sera consacrée à la récolte des échantillons, à l’analyse de la mésofaune du sol, et à la préparation des banques de méta-barcoding sur feuilles. Les échantillons seront séquencés au plateau ANAN de l’IRHS pendant le week-end. La deuxième semaine sera consacrée à l’analyse bioinformatique des résultats, à leur interprétation, et à l’évaluation. Des cours théoriques sur l’analyse de la diversité microbienne seront également dispensés. |
- Enseignant: Benjamin CARBONNE
- Enseignant: Nicolas CHEN