2. 3. 2 Modifications de la flaveur
La flaveur est la résultante du goût et de l'odeur que l'homme perçoit lorsqu'il déguste un aliment. Le développement des microorganismes peut modifier en profondeur les caractéristiques de l'aliment, par la production de molécules ayant un effet direct sur la flaveur ou un effet indirect en se recombinant avec d'autres molécules présentes. Il s'agit préférentiellement d'acides organiques et de molécules issues du catabolisme des lipides et des acides aminés.
De nombreux acides sont produits par fermentation lors du développement des microorganismes (acides lactique, butyrique, propionique, acétique). Outre le fait qu'elles acidifient le milieu, ces molécules ont également une odeur propre : c'est le cas par exemple de l'acide propionique produit par les bactéries propioniques dans l'emmental.
La protéolyse est responsable, par l'apparition de peptides et d'acides aminés, de nouveaux composants aromatiques : c'est le cas de peptides amers produits par certaines moisissures lors de l'affinage des fromages. Cependant, ce sont surtout les molécules issues du catabolisme des acides aminés qui interviennent dans l'apparition de nouveaux arômes : il s'agit de certains gaz comme l'ammoniaque issu de la désamination des acides aminés, le sulfure d'hydrogène qui provient du catabolisme des acides aminés soufrés et de nombreuses autres molécules telles que la cadavérine et la putrescine provenant de la décarboxylation des acides aminés. Comme pour toutes les altérations, ces mécanismes sont favorisés lors de la production des aliments fermentés. En effet, une partie non négligeable des arômes des fromages provient de la dégradation des protéines.
La lipolyse a également un impact important sur l'arôme ; elle correspond à la dégradation des matières grasses présentes dans l'aliment. Les enzymes intervenant dans ce mécanisme sont un peu moins répartis dans le monde microbien que les protéases. Parmi les microorganismes lipolytiques, on trouve quelques bactéries et beaucoup de levures et de moisissures.