3. 2. 1 Choix des microorganismes à rechercher
Il importe essentiellement de rechercher les microorganismes pathogènes susceptibles d'être présents dans l'aliment. L'origine des matières premières et la nature des opérations technologiques effectuées au cours de la production déterminent pour l'aliment un profil microbien qui lui est propre.
Exemple
Par exemple, il est peu probable de trouver dans un paquet de biscuits secs des salmonelles que l'on pourra, en revanche, retrouver dans une carcasse de poulet.
Important
Pour le choix des microorganismes à rechercher, l'industriel peut s'aider des critères microbiologiques définis dans un certain nombre de textes réglementaires, notamment l'arrêté du 21 décembre 1979, et repris dans la note de service DGA1/SDH/N2001-8090 du 27 Juin 2001.
Un critère microbiologique indique un nombre maximum tolérable de microorganismes donnés dénombrés par une méthode définie dans un aliment déterminé. Il consiste en l'ensemble des éléments suivants (figure 158) :
- L'énoncé du produit auquel s'applique ce critère ;
- L'énoncé du ou des microorganismes retenus ;
- Les méthodes analytiques à utiliser pour la détection et/ou le dénombrement ;
- Les limites numériques appropriées au produit considéré ;
- Le plan d'échantillonnage ;
- L'indication du lieu où le critère est applicable (ex : avant ou après pasteurisation).
Figure 158 : Exemple de critères microbiologiques relatifs aux denrées d'origine animale (JO. 21/12/1979)
Un critère introduit dans un cadre réglementaire est un standard (ou norme). Celui-ci implique toujours une action obligée des autorités administratives compétentes en cas de dépassement. Cette action pourra porter sur le procédé seul ou conjointement sur le produit affecté et le procédé. C'est pourquoi on précise en général s'il s'agit d'un « standard impératif » entraînant une action des services officiels à l'égard des produits ou lots concernés ou s'il s'agit d'un « standard indicatif » entraînant uniquement des actions de correction portant sur le procédé.
Outre ces critères, l'industriel peut également rechercher des microorganismes pathogènes qui peuvent être présents dans l'aliment. L'industriel a une obligation de résultats : il est responsable de la qualité des produits qu'il commercialise, et par conséquent, doit s'assurer qu'aucun pathogène n'est présent (même ceux dont la recherche n'est pas préconisée par les normes). De la même manière, il peut réaliser une recherche d'un microorganisme qu'il sait responsable d'altération dans son produit ou rechercher des microorganismes responsables de sa qualité organoleptique (aliment fermenté par exemple).
Important
Cependant et pour les raisons précédemment évoquées, une recherche exhaustive est impossible. Par conséquent, la stratégie consiste d'une part à rechercher les principaux pathogènes pouvant être rencontrés dans l'aliment à analyser, et d'autre part à évaluer par la recherche de microorganismes indicateurs la potentialité de l'aliment à héberger des microorganismes pathogènes ou d'altération.
3. 2. 1. 1 Les microorganismes indicateurs
La flore mésophile totale
Définition
Cette flore qui se dénombre sur un milieu gélosé riche en éléments nutritifs (PCA : Plate Count Agar) est constituée de microorganismes mésophiles chimio-organotrophes qui correspondent aux bactéries majoritairement présentes dans les aliments.
La quantité de microorganismes dénombrés après incubation à 30°C pendant 3 jours donne une idée de l'efficacité des opérations technologiques de stabilisation mises en œuvre, de la qualité des soins apportés lors du conditionnement et du niveau d'hygiène en général. Une flore mésophile nombreuse peut indiquer que le processus d'altération est bien engagé ou que la présence de pathogène est probable.
Important
Le plus souvent cette flore n'est pas pathogène, puisqu'elle est constituée de la flore naturelle des matières premières et de l'atelier de transformation. Cependant, elle peut également être constituée d'une flore majoritaire pathogène (Listeria monocytogenes dans des charcuteries pasteurisées et contaminées lors de l'emballage).
Le dénombrement de la flore totale peut poser des problèmes d'interprétation dans les cas suivants :
- produits fermentés : ils contiennent normalement des flores totales élevées correspondant à la présence de microorganismes responsables de la fermentation (109 microorganismes.g-1). En effet, une partie de la flore lactique peut se développer sur PCA, et bien que les colonies qui en résultent soient petites, elles sont comptabilisées dans la flore totale. Pour éviter cette confusion, il est habituel, lors de l'analyse de ces produits, d'effectuer un dénombrement sur milieu MRS qui est plus sélectif vis-à-vis des bactéries lactiques.
- produits stérilisés : l'absence de microorganismes sur PCA ne préjuge en rien de la qualité de la matière première (Clostridium).
- produits réfrigérés : la conservation au froid induit une sélection des profils microbiens.
Les entérobactéries
Définition
Ce groupe phylogénétique rassemble des bactéries dont l'habitat est le tube digestif des mammifères. Cependant, une partie des espèces le constituant peuvent coloniser d'autres niches écologiques ou simplement, en raison de leur résistance, peuvent survivre hors du tube digestif.
On les dénombre par culture sur milieu gélosé VRBG (Violet Red Bile Glucose) qui est un milieu sélectif. La présence d'entérobactéries dans un aliment peut résulter de matières premières contaminées, du non respect du code de bonnes conduites.
Exemple
Par exemple, viande contaminée lors de l'éviscération défectueuse des carcasses ou par du matériel mal nettoyé, rupture de la chaîne du froid ou mauvais refroidissement, etc.).
A moins d'un manque d'hygiène lors des opérations technologiques, le niveau d'entérobactéries rencontré dans les aliments est relativement bas. Bien que le groupe des entérobactéries contienne des espèces pathogènes, leur présence n'est pas obligatoirement corrélée à un danger pour le consommateur.