Les coliformes
Définition
Les coliformes rassemblent les entérobactéries lactose-négatives et productrices de gaz. On y trouve principalement comme espèces E. coli, Klepsiella sp, Seratia sp.
L'habitat des coliformes est le tube digestif des mammifères, mais certaines espèces peuvent résister aux variations du milieu environnemental et par conséquent survivre hors du tractus intestinal. On les dénombre sur milieu sélectif gélosé Desoxycholate Lactose incubé à 30°C pendant 2 jours. Leur présence dans les aliments conduit sensiblement aux mêmes conclusions que pour les entérobactéries.
Les coliformes fécaux (appelés aussi coliformes thermo-tolérants).
Définition
On retrouve dans ce groupe bactérien les coliformes capables de se développer à 44°C, c'est à dire pour l'essentiel E. coli. Cette bactérie qui ne montre pas de bonnes capacités de survie dans le milieu environnemental, reflète, lorsqu'elle est présente dans un aliment, une contamination fécale récente (contamination du lait cru par des bouses de vaches ou contamination des ovoproduits par les fientes présentes sur l'œuf).
Bien que certains sérotypes soient pathogènes (E. Coli O 157 : H7), la grande majorité des souches rencontrées n'est pas dangereuse pour l'homme. Comme dans le cas des coliformes, le niveau de contamination dans les aliments est plutôt bas, et, lorsqu'il est élevé, indique souvent une rupture de la chaîne du froid. Si un nombre raisonnable de cellules E. Coli n'est pas pathogène, un taux élevé peut provoquer des désordres intestinaux. Son relevé dans les aliments indique la présence "putative" d'autres pathogènes non recherchés dans les analyses (virus, par exemple).
Important
Les taux tolérés par les normes dans les aliments sont généralement très faibles, car ils indiquent des pratiques hygiéniques douteuses. La notion de coliformes fécaux est cependant critiquée car imprécise d'un point de vue taxonomique et car les méthodes de dénombrement, variables d'un laboratoire à l'autre, entraînent souvent des erreurs d'interprétation.
Les anaérobies sulfito-réducteurs (ASR)
On y trouve certains pathogènes (Clostridium perfringens). La présence de spores dans les aliments stérilisés met en évidence un problème de stérilisation.
La notion d'ASR est jugée floue car regroupant des microorganismes banaux (Bacillus) et des espèces hautement pathogènes pour l'homme (Clostridium perfringens).
Les levures et moisissures
Ce sont des germes d'altération : on peut les rechercher pour évaluer l'état d'avancement de l'altération du produit.
La flore lactique
Dans certains produits, l'intervention des bactéries lactiques est recherchée (yaourt, fromage, viande, saucisson, vin). Dans d'autres, ces bactéries sont des agents d'altération (jus de fruit). On cherche à évaluer cette flore dans les aliments fermentés pour lesquels la flore mésophile aérobie totale peut être trop importante mais ne représente pas un manque d'hygiène.
Autres flores
La flore psychotrophe, la flore sporulée (notament Bacillus) peuvent être recherchées par l'industriel suivant son produit et les demandes de ses clients.