1. 1. 2. 2 Le sol
Important
La quantité de microorganismes présente dans le sol peut varier considérablement en fonction de la richesse en matières organiques. Dans un humus très fertile, on peut retrouver jusqu'à 109 microorganismes.g-1 de sol.
Les microorganismes sont essentiellement présents dans la couche superficielle qui est riche en matières végétales et animales en décomposition. Cependant, le sol n'est pas un milieu très favorable à la survie des microorganismes dans la mesure où les conditions physico-chimiques (température, teneur en eau superficielle) peuvent varier de manière considérable et assez rapidement. C'est pourquoi on trouve dans la flore du sol des microorganismes assez résistants aux variations de conditions environnementales.
En raison de leur extrême résistance à ces variations, on trouve très fréquemment dans le sol des bactéries sporulées chez lesquelles certaines epèces sont responsables de toxi-infections alimentaires (Clostridium botulinum,Clostridium perfringens, Bacillus cereus).De même les spores fongiques sont très souvent représentées.
Les bactéries à coloration de Gram positive sont bien représentées par rapport à celles à coloration de Gram négative notamment en raison de leur résistance plus importante liée à la richesse de leur paroi en peptidoglycane.
On trouve aussi dans le sol les microorganismes responsables des fermentations alimentaires tels que ceux impliqués dans la fabrication du pain (levures), des fromages (bactéries lactiques) et des boissons fermentées, qui peuvent ainsi contaminer les matières premières. Certaines bactéries pathogènes assez peu résistantes au milieu environnemental, peuvent toutefois transiter dans les sols.
Exemple
C'est ainsi que l'on y trouve des bactéries pathogènes présentes dans le tube digestif et véhiculées par les excréments animaux.