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2. 2. 2 Les moisissures responsables de la production de mycotoxines (Pfohl-Leszkowicz, 1999)

Comme les spores bactériennes, les spores de moisissures sont ubiquistes et   extrêmement résistantes dans le milieu environnemental et ubiquiste. Leur germination nécessite cependant des conditions spécifiques. Toutes les moisissures ne sont pas responsables de la production de mycotoxines, qui sont des produits issus de leur métabolisme et peuvent donc varier suivant le substrat et les conditions environnementales (pH, température, hygrométrie et présence ou non d'oxygène). De plus, toutes les espèces ne produisent pas ces molécules ; Penicillium roqueforti, qui est utilisé dans la production du Roquefort, peut ainsi produire des mycotoxines lorsqu'elle se développe sur d'autres aliments que les produits laitiers fermentés.
 
Les aliments incriminés sont ceux qui, stockés dans de mauvaises conditions, permettent le développement de moisissures à leur surface. En Europe, il s'agit essentiellement de matières premières végétales comme le maïs et le blé. Dans ce cas, les moisissures peuvent se développer lors du stockage, mais aussi en champ avant récolte. On peut également retrouver les mycotoxines dans les tourteaux de soja mal stockés, et contaminer par ce biais le système sanguin de la vache et le lait. D'une manière générale, tous les fruits secs qui sont stockés durant leur séchage dans de mauvaises conditions peuvent contenir des mycotoxines.

Dans la mesure où les moisissures sont visibles en surface, il est en général peu fréquent que des fruits et légumes moisis soient utilisés, sauf dans le cas où une transformation technologique peut les faire disparaître. Il est ainsi possible de trouver de grandes quantités de mycotoxines dans un jus de pomme produit à partir des pommes moisies.
 
Le mode d'action des mycotoxines est très varié. Certaines sont tératogènes, neurotoxiques, et/ou cancérigènes. La toxicité varie suivant la toxine et la dose journalière absorbée. Les toxines passent de l'aliment dans le sang via la muqueuse digestive et s'attaquent aux organes. L'Aflatoxine est connue pour provoquer une nécrose du parenchyme hépatique, conduisant à un cancer si l'ingestion est régulière. La Patuline (produite par Penicillum expansum et Aspergillus clavis) peut se trouver sur des pommes moisies et entraîne des lésions des poumons, des reins, de la rate et des neurones.
 
La prévention consiste à éviter le stockage trop long dans de mauvaises conditions (chaleur, humidité, aérobiose). Pour permettre une meilleure conservation des aliments, on peut utiliser certains fongicides comme les acides propionique ou sorbique. Afin d'éviter l'accumulation de mycotoxines chez le bétail, il est conseillé de varier son alimentation.

2. 2. 3 Les autres microorganismes pathogènes

2. 2. 3. 1 Salmonella (Colin, 2002)

La principale niche écologique des salmonelles est le tube digestif de l'homme et des animaux, en particulier des volailles. Il arrive dans ce cas qu'une contamination intra-ovarienne se produise, contaminant ainsi le jaune d'œuf dès sa synthèse dans l'oviducte. Le jaune étant un milieu très favorable à la croissance des salmonelles, celles-ci pourront alors de développer jusqu'à sa commercialisation, et en cas de cuisson modérée (œuf au plat, à la coque ou omelette), conduire à une salmonellose aiguë (10⁹ à 10¹⁰ salmonelles.g^-1).

La période d'incubation est de 12 à 24 heures selon la quantité de bactéries ingérées et suivant l'hôte. Les salmonelles se fixent sur les cellules épithéliales du tube digestif où elles sont capables de s'envaginer. Par la production de toxines, elles entraînent une ulcération du tube digestif qui se traduit par des diarrhées très importantes associées à des douleurs abdominales et des vomissements. Ces symptômes sont accompagnés de fièvres ainsi que de vertiges. La maladie peut se poursuivre pendant plusieurs jours. Elle régresse en général spontanément au bout de 5 jours. Elle peut être occasionnellement responsable de septicémies locales ou généralisées pouvant entraîner la mort du patient.

2. 2. 3. 2 Listeria monocytogenes (Flandrois et al., 2000 ; Goulet et al., 2001)

Chez l'homme et l'animal, elle peut transiter par le tube digestif et quelquefois s'y implanter en faible quantité. Ils peuvent donc être ponctuellement porteurs sains de cette bactérie. D'autre part, cette bactérie est psychrotrophe et est capable de former des biofilms.

La bactérie passe du tube digestif dans le sang et est capable de coloniser les macrophages, puis, après sa multiplication, de les lyser. Elle est alors disséminée dans le sang et peut atteindre certains organes dans lesquels elle se multipliera (placenta, méninges, etc.).

La période d'incubation varie de quelques jours à plusieurs semaines et conduit à plusieurs formes de maladie. Chez la femme enceinte, elle peut causer un avortement en fin de grossesse. Chez l'adulte, la forme neuro-méningée conduit à 26% de mortalité et la forme septicémique, qui se développe en général chez les personnes immunodéprimées, conduit à 68% de mortalité. Enfin, chez le bébé, cette bactérie peut entraîner des septicémies ou des méningites. D'une manière générale, la listériose se caractérise par 25% à 40% de mortalité. Cependant, la prévalence est faible au regard de la fréquence de rencontre de la bactérie dans l'alimentation (1 à 5 cas par million d'habitants).

Tableau 16 : Quelques exemples de TIAC à Listeria

On peut trouver Listéria dans de nombreuses matières premières telles que la viande, le lait ou le poisson (tableau 16). Elle peut se multiplier dans les aliments conservés au froid et dont la fenêtre de consommation est longue, ainsi que dans certains fromages à pâte molle dont l'a_w assez élevée permet le développement de la bactérie.