La détection : les méthodes classiques et rapides

Certains microorganismes pathogènes peuvent se trouver en petit nombre dans l'aliment et sont souvent accompagnés d'un nombre beaucoup plus grand d'autres microorganismes pouvant être très proche phylogénétiquement et il peut ne pas exister de milieu de culture suffisamment sélectif pour mettre en évidence ces microorganismes parmi les autres. En conséquence, un enrichissement sélectif est nécessaire (la croissance des microorganismes recherchés est favorisée par rapport aux autres), de plus un pré-enrichissement non sélectif est aussi souvent nécessaire afin de pouvoir rechercher les cellules ayant subi une altération. Les colonies qui seront donc observées après culture en gélose ne représenteront donc pas le nombre de microorganismes présents au départ dans l'aliment. Par conséquent, on ne parlera pas de dénombrement mais de recherche ou détection et on conclura seulement à leur absence ou à leur présence (avec nécessité d'une confirmation). La recherche de ces microorganismes est généralement préconisée dans 25 g de produit.

Figure 3 : Principe de la méthode classique de détection

Les méthodes de détection classique ou rapide reposent toutes deux sur les différences qui peuvent exister entre les familles, genres et espèces bactériens. Ces différences, des plus grossières aux plus fines sont les critères morphologiques, biochimiques, immunologique et génétiques.

Les critères classiques en microbiologie sont les critères morphologiques (taille, flagelle, forme des colonies...) et biochimiques (type respiratoire, paroi, métabolisme). Il existe des kits qui économisent temps, espace et matériel pour effectuer toute une série de tests biochimiques d'identification (API). Les techniques rapides utilisent des critères génétiques ou immunologiques.

Ainsi à chaque étape de l'analyse bactériologique classique on a tenté de trouver une technologie plus rapide et plus spécifique. Une analyse classique peut être séparée en trois phases :

Les méthodes rapides vont tenter de raccourcir une ou plusieurs de ces étapes.

L'enrichissement

Cette étape permet d'isoler la bactérie de son milieu et de la remettre en conditions favorables afin de pouvoir la détecter. Cette opération est obtenue classiquement par une période de régénération dans un milieu liquide sélectif ou non. Ces étapes peuvent durer plus ou moins longtemps (au moins 24h) et se dérouler dans plusieurs milieux.

Figure 4 : Principe de différentes méthodes rapide d'nrichissement avant détection

L'immunomagnétisme et l'immunoconcentration vont permettre de raccourcir considérablement cette étape. A l'aide d'anticorps on va enrichir et/ou extraire la bactérie recherchée. Dans la première méthode, les anticorps (et donc ensuite les bactéries) sont fixés sur des billes magnétiques que l'on attirera par un aimant. Dans la seconde, les anticorps (et donc les bactéries) sont fixés sur un support que l'on pourra laver afin de ne garder qu'un « concentrat de bactéries ».